由于气候和地形原因，日本特别易发生自然灾害，目前经历过了数次大地震、强台风、洪水、火山喷发、滑坡的袭击。
再次，日本位于环太平洋地震带，地震频发，并且海岸线复杂，易受海啸袭击。全球5级以上的地震，有20%发生在日本或日本水域。
最后，日本位于环太平洋地区，世界上几乎所有的火山都集中在这里，其中日本有83座活火山，占世界总数的十分之一。
此外，日本建筑多为木质结构，建筑密集，若发生火灾便很容易加剧，这也让日本成为历史上最易发生火灾的国家。直到今天，它仍然是非常棘手的问题。
第二次世界大战结束至1950年代末期，日本的灾害防御能力因战争而削弱，期间遭受了一系列台风、地震等灾害的袭击，几乎每年有1000人丧生。1959年9月的超强台风维娜（日本气象厅称之为伊势风）期间约5000人遇难，也是日本战后到1995年1月17日的阪神大地震期间，造成最多人死亡的自然灾害，与室户台风、枕崎台风并列为昭和三大台风。
这次台风促使日本建立了有计划、全面的防灾管理体系，并于1961年制定了《灾害对策基本法》。此后，在这个大体系下，将预防、紧急救援和恢复措施相关联。总体上，日本的灾害对策大致可分为：
1960年，日本政府决定将每年的9月1日定为“防灾日”，以此传播防灾知识，提高公众意识。
另一个原因是1923年9月1日，日本东京、横滨一带发生了7.9级大地震。这一带在日本称为关东地区，该地震习惯上被称为关东大地震。
这次地震加上随后引发的火灾导致14.28万人死亡或失踪，57万处住宅被毁。据专家预测，东京的下一次大地震可能将在此后一个世纪发生。2050年前东京发生7级地震的概率为70％。
东京大学地震研究所地震学教授平田直解释说，东京之所以处于特别风险中，是因为它处于太平洋板块和亚欧板块之间。两个大洋板块都向该地区互相挤压，并且东京位于平坦的关东平原上，这种地址构造导致东京很容易在地震中发生剧烈震动。
1923年关东大地震后，东京逐渐完备应对方法。若说世界上哪座城市做好了地震应对准备，那便是东京了。高科技的摩天大楼能承受地震的摇摆，公园建有隐蔽的应急卫生间，长凳可改装成烹饪炉灶。此外，东京拥有世界上最庞大的消防队伍，消防员都经过特殊培训，可以应对震后火灾。
东京市民还被要求用L支架将家具固定在墙上，在衣柜、桌椅下面安装防滑垫，家中也要储备额外的罐头食品、瓶装水、防灾包、无线电、电池和常用药品。
实际上，日本人对自然灾害这一概念已很熟悉。每年9月1日的防灾日，学校和公司也都会进行应急演练。东京都政府还出版了338页的手册《准备起来》，向市民介绍灾难后也许会出现的情况，怎么来降低这种风险。政府向700万个家庭分发了这份手册（有多语言版本）。
东京都政府还编写了《东京防灾》手册，帮助家庭做好地震及其他灾害的应对准备。手册针对性强，根据东京各区的地理特征、城市结构和居民生活方式定制。内容有东京大地震模拟、灾难准备、其他灾害及应对措施、生存建议、灾难基本知识。以大地震为例，手册介绍了震时、震后的不同举措，疏散路线图，疏散前准备，灾后恢复，地震时切记避免的行为，互助，地震幸存者经验，灾难应对准备知识测试，地震时应注意的10个关键信息。
东京还保留了消防车和救援车的专用道路网，道路标志就是一只大型的蓝色鲇鱼。在日本神话中，就是这种大型生物引发的地震。
东京还将3000所学校、社区中心等公共场所作为大灾难疏散中心，另有1200个疏散中心专为有特殊关怀需要的人设立。
为避免大地震后，数百万上班族的群体移动，东京都政府建议职员和学生尽量留在公司或学校。依规定，公司也要准备至少3天的饮用水、食物等必需品。东京还有50多处灾害预防公园。平时，这些公园供人们野餐和休闲，与其他普通的公园没有区别，除了公园内有一片隔离区，里面是一格一格的人孔。发生灾难后，将人孔盖子移开，在上面支好特殊座椅和帐篷，就能用作应急厕所。
东京的另一项知名措施就是抗震建筑。2011年日本大地震的震中距离东京约370 km，但市中心震感强烈，建筑有明显左右摇摆。
根据日本建筑法律标准，中等规模地震中，建筑不应出现破坏，大规模地震中也不应倒塌。
高层建筑的技术最先进，审查也最严格。60m以上的建筑一定要经过高级结构分析。东京新建的摩天大楼都配备了一系列的抗震装置，如大型“阻尼器”，能够更好的起到摆锤的作用，像避震器一样抵抗地震波。
当然，日本也从以往灾难中吸取了教训。1995年神户地震，多数倒塌的建筑物都是1981年引入更严格的标准前建造的。东京大学的研究表明，目前东京90%的建筑符合现代抗震标准。
政府还新建了水闸和堤坝来保护东面的低地，应对洪水和暴风雨，并改善了中部的河流和引水渠。1949年8月的热带风暴“凯蒂”造成了3.15m的风暴潮，淹没了137878栋房屋；2017年10月的超强台风兰恩造成了2.98m的风暴潮，但没有一栋房子被淹。
最后，东京最引人关注的基础设施项目就是G-Cans了。这项历时17年的工程，在2009年完工，耗资2300亿日元。G-Cans包含五个筒仓，每个筒仓高65m，可以收集洪水。这些筒仓连接了6.5 km长的隧道，洪水由此流入巨大的地下储罐。在多雨的2008年8月，G-Cans尚未完工，该系统仍通过排出了1172万立方米的洪水，避免当地社区遭到破坏。
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